Palazzo Badoer deriva dalla «casa del priorato di San Giovanni Evangelista» appartenente alla famiglia Badoer. Un documento del 1350 concede ai Badoer di seppellire i confratelli della Scuola di S. Giovanni Evangelista: il cimitero esiste ancora sotto il salone del palazzo e la sua presenza ha storicamente determinato la particolare tipologia planimetrica dell'edificio (che si può schematizzare a forma di «Z»), che si differenzia da quella di un qualsiasi palazzo veneziano.

Successivi interventi, fino alla situazione edilizia formalmente compiuta che ci è pervenuta, sono documentati al 1712; interventi interni sono stati eseguiti in seguito.
Nel 1974 lo IUAV acquista il palazzo dall'istituto di Santa Caterina, suore di Nevers.
I lavori di manutenzione straordinaria e adeguamento funzionale del palazzo come sede del Dipartimento di storia dell'architettura sono iniziati nell'aprile del 1978.

Dal 2008 Palazzo Badoer è sede della Scuola di dottorato Iuav.