La collezione permanente del Museo comprende tele provenienti da chiese veneziane, alcune chiuse al culto, altre destinate ad altro uso.
Il ciclo di San Saba di Jacopo Palma il Giovane, della chiesa di Sant’Antonin, opere di Gregorio Lazzarini e Gian Antonio Pellegrini da San Clemente, dalla chiesa delle Terese, opere di Luca Giordano da Sant’Aponal, la pala di Jacopo Tintoretto della piccola chiesa di San Gallo, sede di esposizioni, nonché l’intero ciclo della Scuola del Cristo a San Marcuola.
Sono inoltre esposte la collezione di oggetti di oreficeria sacra ed alcuni capolavori lignei, oltre a nuove acquisizioni come la tavola del belliniano Pierfrancesco Bissolo Sacra Famiglia (prima metà XVI secolo) proveniente dalla chiesa di San Fantin e il Leone marciano in moleca, altorilievo in pietra di Aurisina di scultore veneto della metà del sec. XIV. Apre l’esposizione la Resurrezione di Gregorio Lazzarini (1720) proveniente dalla chiesa di Ca' Cottoni – Caorle.