L'antico Convento - prima Ospedale "Ca' di Dio", più tardi trasformato in Casa di Ricovero, in plesso scolastico e ora in biblioteca civica - è stato fondato nel 1585, con Chiesa dedicata a S. Antonio di Padova. L'attuale residenza del cappellano del cimitero cittadino è stata affidata ai Cappuccini dal Comune di Chioggia nel 1924; la chiesetta, edificata negli anni 1930-36, è dedicata ai SS. Giovanni Battista e Antonio di Padova, e funge da cappella per il cimitero e da ossario per i caduti chioggiotti nella prima guerra mondiale (1915-18). La residenza venne ampliata negli anni 1946-47 e restaurata radicalmente nel 2001. Ma a Chioggia, i francescani Cappuccini sono conosciuti specialmente come custodi del Santuario della Madonna della Navicella. L'edificio sacro, affidato alla cura dei frati il 17 ottobre 1957, fu ricostruito dopo circa un secolo e mezzo dalla scomparsa dell'antico omonimo santuario.
Quest'ultimo era stato innalzato sul lido di Chioggia (e per questo veniva detto santuario di Marina), dove, secondo la tradizione, il 24 giugno 1508 la Beata Vergine era apparsa a un ortolano per chiedere agli abitanti ravvedimento e conversione. La notizia si era diffusa rapidamente, e già l'8 luglio Marin Sanudo riferiva il fatto nei suoi celebri Diari e aggiungeva che "era cossa inextimabile la zente [che] andava" a pregare nella cappellina di tavole sorta sul luogo. La cappellina successivamente fu sostituita da un vero santuario mariano.