La costruzione è collocata a metà del secolo XVI, essendo attribuita a Guglielmo de Grisis da Alzano, detto il Bergamasco, a cui fu commissionata da Antonio Frattina, discendente dall'antica famiglia portogruarese degli Squarra.
Tra il 1919 e il 1923 vi furono apportate notevoli modifiche strutturali; fra l'altro, l'edificio fu rialzato con la costruzione della soffitta. Dal 1973 appartiene al Comune che vi ha collocato diversi uffici tra cui la biblioteca civica 'Nicolò Bettoni'.
Vi ha sede inoltre il Museo Paleontologico 'M. Gortani'. Accanto alla villa c'è l'Oratorio di S.Ignazio, edificato nel 1682 da Giulio Tasca.
