In occasione della nuova sistemazione con ampliamento degli spazi espositivi, il Museo, oltre che custodia, è stato concepito come strumento per introdurre alla comprensione dell'imponente eredità spirituale, culturale e materiale costituita dalla basilica di San Marco e come percorso attraverso oggetti di culto e opere d'arte che sono parte di questo patrimonio.
La collocazione museale della quadriga marciana nel 1982 e i restauri di molti beni tra gli anni ottanta e novanta hanno imposto una revisione dell'area espositiva, avviata fin dal 1986.
Il Museo di San Marco si articola ora in tre sezioni: i Mosaici, i Tessili, la Quadriga e l'Antico, ovvero i segni del potere dogale, sintesi ideologica dell'eredità marciana.

L'esposizione si sviluppa negli spazi del piano soprastante l'atrio-nartece. La struttura in mattoni a vista, costituita da un alternarsi di archi e pennacchi che reggono le cupole di copertura, ripete la tipologia costruttiva della basilica.
La visita si conclude sulla terrazza per ammirare l'area marciana verso la piazza, il Palazzo Ducale, il molo e, lontano, l'isola di San Giorgio, cuore della città e dell'antico stato.