La Chiesa delle Zitelle viene eretta tra il 1581 ed il 1588.
Le fonti seicentesche indicano in Andrea Palladio l’autore del progetto e pur in assenza di documenti, l’attribuzione appare stilisticamente giustificata.
L’idea originaria si ispirava probabilmente ad un modello di tempio votivo a pianta centrale trasformato poi, in fase di realizzazione in rapporto all’esigenza di serrare la chiesa entro le ali della casa delle Zitelle e limitatamente alle modeste possibilità economiche dell’istituto.

La Pia opera fu fondata nel 1561 da gentildonne veneziane per dare asilo a fanciulle che per la loro avvenenza erano avviate alla prostituzione.
La chiesa è parte di un complesso ecclesiastico creato dal gesuita Benedetto Palmi per assistere le ragazze povere e, sebbene l’acquisizione dell’area edificabile alla Giudecca risalga al 1561, l’inizio dei lavori è posteriore alla morte di Palladio: la prima pietra è posta nel 1581 e la chiesa viene consacrata nel 1588. In realtà già nel 1575-1576 sono documentati ingenti acquisti di materiali da costruzione, forse destinati proprio alla chiesa.